Pacientul poate fi culcat pe un pat sau pe o masă de masaj, acoperit, într-o poziţie confortabilă. Dacă este necesar, tratamentul Bowen se poate aplica şi unui pacient aşezat pe scaun.

Un tratament constă în aplicarea unor mişcări delicate, efectuate cu degetele, pe anumite puncte specifice, asupra muşchilor şi ţesutului conjunctiv, fie direct pe piele, fie peste o îmbrăcăminte uşoară. Prin aplicarea acestor mişcări se transmit mesaje prin intermediul sistemului nervos, recuperând memoria celulară a unei stări ideale de relaxare şi echilibru.

Între fiecare dintre seturile de mişcări există câteva minute de pauză, în care pacientul se odihneşte, singur in cameră. Organismul său are astfel timpul necesar pentrua prelucra mesajele declanşate de mişcările Bowen şi a iniţia procesul de vindecare.

Rezultatele pot fi remarcabile chiar de la prima şedinţă, procesul de auto-vindecare derulându-se şi pe parcursul zilelor următoare.

Tratamentele se aplică, de regulă, la interval de şapte zile. De cele mai multe ori, sunt necesare doar câteva şedinţe de tratament în cazul afecţiunilor acute, iar pentru afecţiunile cronice vor fi necesare mai multe şedinţe de tratament.

Spre deosebire de celelalte terapii manuale, Tehnica Bowen nu foloseşte manipulări în forţă. Terapeutul nu forţează organismul pacientului să execute o comandă, ci permite acestuia să întreprindă acele acţiuni necesare pentru a se auto-vindeca, în propriul său ritm.